Vous pouvez travailler dans un IDE comme Eclipse et créer des projets en C et java (si les compilateur C est installé au préalable à l'installation de Eclipse).

sinon 
$cc -c LCS.c
$cc -o LCS LCS.o
$./LCS AGGTC AGC
Ce code doit être recompilé sur sa machine car exécutable dépend de l'OS et de la configuration matérielle parfois de l'ordinateur (compilé sous Linux Ubuntu).
et

$ javac LCS.java
pour générer le .class (version pseudo-compilée du code). Cet élément est exécutable quel que soit la machine avec un JRE (Java Run Time Environment) normalement présent sur toute machine moderne.
$java LCS "AGGT" "AGG"
ou s'il ne trouve pas le chemin (cela arrive parfois)
$java -classpath . LCS "AGGT" "AGG"

Pour Perl,
$perl LCS.perl AGGT AGG

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