Workshop du GDR ISIS
« Analyse de tissu biologique et
histopathologie numérique»
Paris, Mardi 23 Juin 2015
Localisation
Laboratoire LIPADE, Université Paris-Descartes (Paris 5)
Centre Universitaire des Saints-Pères
45 rue des Saints-Pères, 75006 Paris, Salle Turing, 7e étage (Prendre Ascenseurs 2 ou 3 puis tourner à droite et aller au fond du couloir)
Accès :
Métro 4 – Saint Germain des Prés OU Métro 10 – Mabillon
Liens vers les journées du 24 Juin (GDR ISIS) et du 25 Juin (Projet VivaBrain) et vers l' appel à communications et programme complet du workshop sur trois jours (23-25 Juin 2015).
Organisateurs : N. Loménie / C. Kurtz / G. Forestier / O. Lezoray / M. Adel
Inscription et programme détaillé : sur le site du GDR ISIS http://www.gdr-isis.fr/index.php?page=reunion&idreunion=276
Programme :
09.15–09.30 : Accueil / introduction de la journée
09.30–10:10 : Mots d'introduction de Prof. Catherine Guettier-Bouttier, PU-PH APHP
Titre: La pathologie digitale et ses applications
Biographie : Catherine Guettier-Bouttier est professeur d’ Anatomie et Cytologie Pathologiques à l’Université Paris Sud (Hôpitaux Universitaires Paris Sud), membre de l’ Unité INSERMU1193, présidente de la Société Française de Pathologie de 2010 à 2012, et responsable du réseau de Télépathologie d’Ile de France 2014-2015, enfin membre externe du Conseil de l’Ecole doctorale Interfaces Université Paris-Saclay. Prof. Guettier-Bouttier a notamment présidé la Collégiale des Anatomo-Pathologistes.
10.10–10.30 : Pause café
10.30–11.10 : Dr. Ralf Schönmeyer, Definiens, Allemagne
Title: Groundworks for Tissue Phenomics: Automated Whole Slide Analysis of Differently Stained and Registered Tissue Sections
Biography:
Ralf Schönmeyer studied physics at Frankfurt am Main University, Germany, and did his PhD in the local Brain Imaging Center at the University Hospital. Since 2007 he works for Definiens in Munich and conducts internal and external research projects.
11.10–12.00 : Session 1 (2 exposés)
12.00–14.00 : Pause déjeuner libre
14.00–14.40 :
Prof. Adrien Depeursinge,
HES-SO / EPFL, Suisse
Title: Texture-Based
Computational Models of Tissue in Biomedical Images: Initial
Experience With Digital Histopathology
Abstract:
One
approach to computerized histopathology image analysis is to leverage
the multi-scale texture information resulting from single nuclei
appearance to entire cell populations. In this talk, we will
introduce a novel framework for learning highly adaptive
texture-based local models of biomedical tissue. I will discuss our
initial experience with the differentiation of brain tumor types in
digital histopathology.
Biography:
Adrien Depeursinge
received the B.Sc. and M.Sc. degrees in electrical engineering from
the Swiss Federal Institute of Technology (EPFL), Lausanne,
Switzerland, in 2003 and 2005, respectively, with a specialization in
signal and image processing. From 2006 to 2010, he performed his
Ph.D. thesis on medical image analysis with a focus on texture
analysis and content-based image retrieval at the University
Hospitals of Geneva (HUG). He then did a Postdoctoral Fellowship in
the Department of Radiology at Stanford University. Starting from
2014, he holds a joint position as professor at the University of
Applied Sciences Western Switzerland, Sierre (HES-SO) and as research
associate in the Biomedical Imaging Group at EPFL.
15.40–16.00 : Pause café
16.00–18.00 : Session 3 (3 exposés + discussion)
Description
Action organisée par :
Le GDR ISIS, thème B : « Image et Vision »
L'histopathologie numérique est la discipline destinée à l'aide au diagnostic par l'étude de tissus biologiques numérisés. Ce domaine a récemment ré-émergé après les travaux pionniers de Judith S. Prewitt en traitement d'images dans les années 70, ainsi que le succès de la radiologie numérique, tel que l'analyse des mammographies dans les années 90. Dans ce contexte, un des leaders du marché a publié en 2012 un livre-blanc1 faisant état des problématiques de santé publique liées au dépistage systématique du cancer du sein au Canada. S'en est suivie la création d'un centre dédié de recherche et développement2. Voici quelques éléments de réflexion contextuels pour ouvrir le débat sur l'impact de l'histopathologie numérique comme problématique de santé publique en France mais aussi en Europe plus particulièrement. Scientifiquement et technologiquement, c'est aussi un terrain fertile d’amélioration, de renouvellement ou de création d'un ensemble de thématiques de l'imagerie médicale au sens large du terme (du capteur au traitement des données). Nous proposons d'ouvrir ce débat à la communauté STIC-Santé également par une journée de réflexion commune où nous solliciterons interventions et débat des mondes hospitalier, industriel et académique. Nous avons identifié quatre grands chapitres pour motiver les présentations :
Qualité des images 1. Vérité terrain 2. Biomarkers / stain separation 3. Quality assessment 4. Virtual staining |
Complexité des images 1. Données massives (whole slide image) 2. Analyse d'images multi ou hyper-spectrales 3. Microscopie vs. Scanner |
Représentation des images1. Détection des objets biologiques 2. Segmentation en régions d'intérêt 3. Représentation par component trees 4. Extraction de caractéristiques / classification 5. Divers (approches structurelles, géométriques, arrangement de noyaux) |
Manipulation des images (haut niveau)1.Utilisation d'annotations sémantiques (vérité terrain) 2. Content-based image retrieval 3. Relations spatiales et raisonnement 4. Ontologie médicale et ontologie numérique |
L'objectif de cette journée consiste à faire le point sur les avancées les plus récentes dans ces thèmes de recherche, en confrontant les progrès réalisés sur le plan académique aux problématiques cliniques récurrentes.