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title: "Introduction à `R Markdown`"
subtitle: "Cours de Programmation"
author: "Vitorio Perduca, Master 1 Mathématiques et Applications"
date: "UFR Math-Info, Université Paris Descartes, septembre 2017"
output: pdf_document
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## Principe

- `R Markdown` est un outil introduit par les développeurs de `R Studio` pour rédiger des rapports et présentations en intégrant du code `R` dans du texte.
- Quand le document `.Rmd` est _compilé_ à l'aide du package `knitr`, le code R est exécuté et les sorties sont visualisées dans le rapport.
- Un document `.Rmd` peut être compilé en format `.html`, `.pdf`, word... 

## Texte et formules mathématiques

Dans un document `.Rmd` on peut utiliser le langage de balisage [`Markdown](https://fr.wikipedia.org/wiki/Markdown). 

Exemples:

- `_italique_` donne _italique_
- `__gras__` donne _gras_ 
- syntaxe facile pour listes, liens, titres des sections, sous-sections...

Consulter l'aide `Markdown quick reference` dans `RStudio` (cliquer sur Help en haut à droite) et/ou le [cheat sheet](https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2016/03/rmarkdown-cheatsheet-2.0.pdf)!

RMarkdoxn permet d'utiliser la syntaxe latex pour les formules mathématiques. Par exemple `$e^{i\pi}+1=0$` donne $e^{i\pi}+1=0$. Vous trouverez une introduction à latex [ici](https://fr.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Écrire_des_mathématiques).

## Code R

Pour insérer du code `R` il faut l'encadrer par trois _ticks_ suivi par {r} au début et et par trois _ticks_ à la fin. Regarder le fichier `.Rmd` de cette présentation pour comprendre comment ça fonctionne!

```{r,echo=F}
runif(5)
```

A l'aide de paramètres `eval=TRUE` et `eval=FALSE` on peut exécuter ou pas le code. 


## Créer un nouveau fichier

En `RStudio`:

- `File` > `New File` > `R Markdown`... > `Document` > `HTML` (par exemple)
- Quand on veut compiler le fichier on clique sur le bouton `Knit` 
- Si on veut générer un rapport pdf il faut que un moteur latex soint installé 
